某天，有個名叫佐藤洋的貧窮高中生走進超市，看到了半價出售的便當， 就在他伸手準備拿取之際，卻頓時被有如風暴般的「某種東西」一撞，回過神就發現自己已經倒在地上了。 原來這裡是為了爭奪半價便當而展開熾熱混戰的戰場！佐藤受到此種超乎想像的戰爭深深吸引， 因此試著與同在超市的同學‧白粉花聯手奪取半價便當，卻被突然現身的美女「寒冰魔女」打得體無完膚， 接著，那位女性對佐藤說出了……
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
本片讲述了某大学宿舍，四个男生之间爆笑、逗比、离奇的日常生活，侧面描写学生的生活状态和校园生活的美好与多姿，让正在经历校园生活的你找到共鸣，让曾经经历大学生活的你找到往日的峥嵘岁月。
