三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……
小时候搬来这个海滨城镇的由坂健次，眼里看到的，是一望无际的大海被日光照射后呈现的那一片玻子汽水般的色彩。健次在那海边同一位少女相遇。少女的名字叫做近卫七海，就住在健次新家的隔壁，窗对窗仅有1、2米伸手可及的距离。 四季转变，时光飞逝。他们两人的回忆和一起度过的岁月一起渐渐堆积。一如既往的每一天，自然而然的情感，对他们来说，这些就是如同宝物一般。日光渐渐刺眼，蝉叫依稀可辨，天空愈发湛蓝……今年的夏天也来了，对健次和七海来说平常却又有些许改变的夏天……
Heroine（名冢佳织 配音）只是一名普通的少女，在8月1日这一天，醒来的她发现自己竟然失去了所有的记忆，在慌乱之中，一个名叫Orion（五十岚裕美 配音）的精灵出现在了她的面前，精灵告诉Heroine自己被困在了她的内心里，只有当Heroine找回了自己的记忆，他才能够重获自由。 就这样，仅仅凭借这手机中储存的一个名字，少女踏上了寻找记忆的旅途。表面冷淡但实际上十分热心的Shin（柿原彻也 配音），具有独特魅力的Ikki（谷山纪章 配音），天才数学家Kent（石田彰 配音），温柔又可靠的Toma（日野聪 配音）等青年接连出现在了她的面前，每个人都在用各自的方式指引着Heroine前进，而终点之处，又是什么在苦苦守候呢？
在那座歌剧院发生了第三起杀人事件！即将被拆迁的歌剧院中，一群有缘人被招待观赏最后的公演，同样被招待的金田一一、七濑美雪、剑持警部三人也再次被卷入其中。『今晚，歌剧院最后之夜，将上演两具尸体所点缀的华丽最终章』，魅影发出了如此危言耸听的预告信…… 在去温泉途中迷路的金田一一、七濑美雪、剑持警部三人，来到了废墟之村——舞兰村。这个村庄发生了遗留的吸血鬼传说引起的谜样杀人事件。吸血鬼的魔爪追逐美雪而来，阿一能够解决这起案件吗？
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
