藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
自从赢得世界大赛之后，农用飞机“尘土”已经成为尽人皆知的草根冠军。可是有一天在练习时，他的身体发现异样。经检查后得知他的变速箱出了问题，该型号变速箱由于老旧已经停产，这也意味着尘土再也无法参加激烈的比赛。一天夜里，不甘失败的尘土继续挑战极限，结果引发弯角服务站机场加油站的大火。虽然侥幸扑灭火灾，但是由于机场安全消防措施不过关，面临着被关闭的命运。眼看就到了机场玉米节狂欢，在场的每一个人都提心吊胆。感觉负主要责任的尘土主动要求参加消防员的培训，在此之后他结识了有着丰富丛林火灾扑灭经验的刀锋、乘风者、北斗星等新伙伴。 一切从零开始，命运发生转折的尘土迎难而上……
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黒の地平を旅立ち、 次の大陸めざし航海していたビィトたちは 新たなる敵『魔牢獄の獄長バウス』の攻撃をうけ、 地図にのらない幻の大陸に漂着する。 そこには、 天撃を使う人々の暮らす町シャンティーゴがあり、 ビィトたちは暫くこの町で暮らすことになる。 シャンディーゴの領主の息子であるリオンは バスターになることを嫌い、 いつも、家出のチャンスをうかがっていた。 そんなリオンと出会ったビィトたちは リオンが秘めている謎の力、天力陣に助けられ バウスのあやつる囚人ヴァンデルたちと激しい闘いを繰り広げる。 リオンに興味をもつバウスの狙いとは？？ リオンのもつ力とは？？ ビィト戦士団とリオンの出会いが新たな冒険の扉を開く！！
