故事发生在神世纪300年，表面看来，结城友奈（照井春佳 配音）是一个平凡的初中二年级女生，个性开朗热情的她是校园中的活跃分子，深受老师和朋友们的喜爱。可实际上，放课后的她还有着另一重身份——勇者部的部员。 友奈的邻居兼好友，沉默寡言却意外的温柔的东乡美森（三森铃子 配音）、个性大大咧咧果断直率，却意外的擅长做家务的犬吠埼风（内山夕实 配音）、风的妹妹，像小动物一样惹人怜爱的犬吠埼树（黑泽朋世 配音）、看似桀骜不驯难以接近，实际上非常害羞傲娇的三好夏凛（长妻树里 配音），除了友奈，活跃在勇者部的是这些性格迥异的女孩们，她们所要面对的，是名为巴提克的强大敌人。
有一天，小行星熊玛利亚星在宇宙的某处爆发，成就一群坠落地球的流星，使地球各处的熊发生异变。熊大举进食人类，人类再报以还击，结果造成没有战果和充满仇恨的恶性循环，直至两边不约而同筑起断绝之墙，期望以后互不侵犯……一天早上，呼啸山庄学园的学生——椿辉红羽和泉乃纯花，在学园的百合花坛里一同看见百合之花。二人于是成就“既为朋友，亦为恋人”的关系，并将花坛视为最重要的地方。就在此时，熊警报突然响起，揭示对方再度入侵人类世界，准备陷入混战。揭示这些熊的真实身份和目的之时，新谜题的出现带来新一波的怒涛，揭开背后华丽的每一幕……
幽冥女王之兄阿達武士（Rito）加入侵略地球的隊伍，並壓倒性的擊敗金剛戰士，摧毀了大連王與戰鬥白虎，指揮中心亦在戰鬥中損毀，金剛戰士就此失去超異能。宙威利用中心所餘的能量，將失去超異能的戰士們送去忍者神廟，要他們去見可製造超異能硬幣的忍者戰士（Ninjor）。儘管途中有阿達武士派遣的食人鳥追擊，但戰士們依舊成功抵達神廟獲得新的超異能，並多了忍者裝扮的變身型態，以及忍者機械獸（Ninja Zords）。後來巴布猴、怪頭陀與魚匠人等尋獲失落已久的無敵戰將（Shogun Zords），玄冥大帝等人遂奪走小晴的超異能硬幣與大明的戰鬥鷹，企圖要脅金剛戰士替自己駕駛無敵戰將征服地球。大明只得潛入暗月宮內，於千鈞一髮之際奪回硬幣與戰鬥鷹，而比利亦在操縱無敵戰將時將控制權奪來，令玄冥大帝的企圖失敗，也讓金剛戰士多了五架新的生力軍。 小晴為了追求理想，決定離開參加體操大賽訓練，原先遭幽冥女王下咒以企圖謀害金剛戰士的凱特（Katherine），在破除魔咒後取代她成為新的粉紅戰士。但過沒多久，幽冥女王的父親終極魔王發動魔法將時間倒轉，令金剛戰士全回到童年時期，因此失去了超異能。為了抵禦侵略，宙威自水柔星請來了外星戰士，第三季就此進入特別篇。至於變回兒童的各戰士，除了比利透過機器很快恢復之外，其餘人則到各地尋找奇奧水晶的碎片，希望將之收集後發動魔力令地球恢復原狀。而伊莎到非洲尋找水晶時，意外與遠親相逢，從此留在當地，由表姊唐娜帶著水晶回到美國。但當水晶湊齊讓地
