该片讲述秋季之后的故事，从原作漫画第7集的剧情接续下去。除了小野寺小咲的妹妹小野寺春、小野寺春的好友小风和从美国飞来的宝拉·马可伊之外，其他还有千棘的母亲桐崎华等个性鲜明的新人物也将陆续登场。
濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
距离人类移居到新的基地火星已经过了50年。这个时代中大多数的文化均由AI创造，人类只需要享受即可。有一位女孩，在首都阿尔巴市努力生活，在工作之余的空闲时间努力成为一名音乐家，她总觉得缺少些什么。她的名字是Carole。有一位女孩，出生在赫舍尔市的富裕家庭，她的梦想是成为 一名音乐家，但是周围却没有人能够理解她的想法，她觉得自己是全世界最孤独的人。她的名字是Tuesday。 一个机遇促使两人相遇。她们希望歌唱。她们希望放声。如果是两个人一起的话，她们就觉得有机会能做到。她们也许只会掀起微小波澜，但这微小的波澜却可能会化作巨浪...
与白色彗星帝国作战三年后——为了拯救濒临灭亡的加米拉斯民族，戴斯拉总统继续探索新的母星，最终在银河的一处找到了符合条件的行星。但是，那里是强大的星际国家的领土范围内。在银河中爆发的领土纷争，导致与加米拉斯缔结安全保障条约的地球被无情地卷入到了其中。给地球带来军事、经济优越性的时间断层技术，以自己的生命为代价而消失了——虽然被自责的念头驱使着，但依旧担任着大和号新舰长的古代进，为了应对即将到来的事件，和新船员们一起开始了航海训练。却也不知道其中混进了什么人在盯着自己。尽管如此还是要“活下去”?在从未有过的不安时代，大和号迎来了新的旅程。在那前方，有着超乎想象的新敌人在等待着他们……
