该部作品以文明遭到毁灭的石之世界为背景，讲述了拥有超人般头脑、天生的科学少年，千空决意用科学的力量复原世界的文明，将世界恢复原状，与伙伴一同创造文明的奇幻冒险故事。
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲亚的少女。索菲亚也在寻求着失踪的哥哥皇后留下的讯息“El Dorado”的含义。索菲亚失去了皇后，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
圆盘皇女OVA皇女花嫁训练(圆盘皇女SPECIAL 2003年8月23日DVD发售-即第一季ova)巴鲁哈拉星的第七位公主，是一位极为有学识的公主。但性格却不像表面上那么坚强，按照习俗巴拉哈鲁星八位公主中一位要远嫁他方，而瓦尔古雷偏偏被选中。因为这是一场政治婚姻，所以她选择逃婚。最后自己的飞船在地球上失事，撞进了时野和人所经营的公共澡堂时乃汤，致使和人当场丧命。为了补偿和人，瓦尔古雷将自己灵魂的一半分给和人，而自己由于灵魂的力量变弱，变成了小孩子，同时心智也变成了小孩的水平（其身体只有在与和人接吻时才能回复，只有这样灵魂才能完整,到天空阁结婚仪式城的攻防最后恢复了大人模样，同时小瓦尔也在）。就这样，瓦尔古雷留在了时乃汤，跟和人开始了两人的爱情故事。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们继续乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在山东潍坊，他们帮助小宝成功放飞了巨型章鱼风筝；在菲律宾，他们通过特制音响和扩音设备，帮助一个叫利娅的女孩达成了和鱼儿交朋友、一起唱歌的愿望。尽管遇到不少困难，但超级飞侠和超级宠物们每次都会用炫酷的装备和丰富想象力的办法，圆满地解决问题。
「僕が愛したすべての君へ」では、母親と暮らす高校生の高崎暦がクラスメイトの瀧川和音から声を掛けられたことをきっかけにストーリーが展開。85番目の並行世界から移動してきたという彼女は、その世界では2人が恋人同士であると告げるのだった。
