芙莉莲是一位千年精灵魔法使，曾与勇者辛美尔一同击败魔王。 在见证辛美尔寿终正寝后，她再次踏上理解人类心灵的旅程，与魔法使菲伦、战士休塔尔克结伴前往灵魂安眠之地奥伊伦。 这段旅途充满温馨日常与激烈战斗，每个瞬间都在三人之间筑起无可替代的羁绊。
学生会长国齐（鸟海浩辅 配音）外表平凡，神经大条，经常遭色狼骚扰而不自知。被任命为新一任的学生会副会长的知贺（杉田智和 配音）为了保护国齐，便担任起“保镖”一职，护送会长上学放学。在这期间，知贺渐渐发现自己好像爱上了会长，他情不自禁吻了他，二人的关系从此发生变化。 与此同时，一个神秘的入侵者潜入国齐家里，对他进行性侵犯。知贺及时赶到，救了国齐。对于国齐的遭遇，知贺感到后悔莫及，怪自己没有好好保护他。惊魂未定的国齐却掩盖了一个羞于启齿的事实：他把神秘人的侵犯当成了知贺的爱抚。以后他将如何面对知贺……
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
