普通男子高中生加贺谷修一可以变身为怪物但并不是普通的怪物，而是布偶怪物，而且还是少女进入他的身体控制。这样过着日常生活的他，所热爱的日常，某天开始却突然不复存在……
“PINE RECORDS”（通称：PIRECO）所属的千岁春、熊谷绘里、龙王更纱、迎桐、迎羽织、箕作沙沙芽、西尾未来、雪野日阳、具志坚修普、金时琴子、诸冈露露11人，是名为“音乐少女”的偶像组合的成员。 但“音乐少女”却是完全火不起来的C级偶像。 不鸣不飞&赤字累累的“音乐少女”，制作人池桥和成员们却仍然在拼命努力着。 池桥认为“音乐少女”需要新的成员。像是抓住成功的引爆剂那样的偶像！于是，他为了选拔而日夜操劳。 这样的某一天，“音乐少女”与主人公·花子相遇了……
故事发生在二十一世纪初叶，全球气候持续变暖，融化的冰山淹没了大部分陆地，与此同时，名为“雾之舰队”的战舰群从天而降占领了海域，人类的生存空间逐渐遭到蚕食。千早群像（兴津和幸 配音）是一名士官候补生，某日，一艘名为“伊401”的潜水艇出现在了她的面前。就这样，群像成为了潜水艇的驾驶员。 皮肤黝黑大大咧咧的橿原杏平（宫下荣治 配音）、温婉可人足智多谋的八月一日静香（东山奈央 配音）、带着面具十分神秘的织部僧（松本忍 配音），活泼可爱身手敏捷的四月一日伊织（津田美波 配音），一群怀抱着拯救人类之重大理想的战友们聚集到了潜水艇之中，为了夺回本该属于人类的领地和敌人展开了激烈的战斗。
