故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。 杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。
由于童年的经历，天野莓（悠木碧 配音）对糕点有着深深的喜爱和眷恋，成为一名出色的糕点师就是她的全部梦想。可是，随着年岁的增长，小莓发现，自己笨拙的身手无法胜任制作糕点这样精细的活计。在一次蛋糕展示会上，名叫安利（岸尾大辅 配音）的师傅却告诉小莓，她有着极高的烹饪天赋，但尚需发掘。安利推荐小莓进入圣玛丽学院进行修炼，在家人的鼓励和自己的反复思量之下，小莓终于下定了就读的决心。 在学院里，小莓认识了外表冷漠内心天真的“甜点王子”樫野真（冈本信彦 配音），成熟稳重的糕点店继承人安堂千乃介（浜添伸也 配音）和对小莓十分友善亲切的花房五月（代永翼 配音）。在他们的帮助下，小莓不断的提升着自己制作糕点的手艺，并和同学们结下了深厚的友谊。
