第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
与目前正在播出的TV动画版「暗杀教室 第二期」联动的「暗杀教室 第二期 课外授课篇」将于3月11日起在dTV独占配信。这次动画化的是在TV版中并没有出现的「竹林的一课」和「支配者的一课 第2节课」等。「课外授课篇」共4话，一话约5分钟 ，后追加4话，共计8话。
升入高中开始独居生活的高一学生藤宫周。 他居住的公寓隔壁，住着学校里首屈一指的美少女椎名真昼。 原本毫无交集的两人，却因周借给在雨中淋得全身湿透的她一把伞为契机，展开了一段奇妙的缘分。 看着过着颓废独居生活的周，真昼实在看不下去，便开始为他做饭、打扫房间，在各方面费心照料他。 比邻而居的两人，就这样慢慢地、一点一点地，心意逐渐相通。 这是一个与可爱的邻居之间， 甜蜜又令人心焦的恋爱故事——。
