剑与魔法的世界——艾斯克里亚。在这个世界里，人们生来就背负着等级与既定使命。战士、格斗家、僧侣、魔法师、盗贼、商人、猎人、咒术师、国王、贤者、勇者。而其中数量最多、毫无力量、最弱小的角色……“村民”。某日，一对村民父子遭遇魔物袭击。当那位青年飒爽登场，轻松击倒怪物时，那对父子惊得目瞪口呆。“镜浩二、村民……等级……999！？”达到 LV999 的极致境界，反抗既定命运的村民——镜浩二。魔族之巅的魔王之女——爱丽丝。两人相遇后，与伙伴们共同追寻魔族与人类共存的理想。在这个被命运赋予“对立”的世界里等待着他们的，将是这个世界不为人知的法则……
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
普通男子高中生加贺谷修一可以变身为怪物但并不是普通的怪物，而是布偶怪物，而且还是少女进入他的身体控制。这样过着日常生活的他，所热爱的日常，某天开始却突然不复存在……
2016年日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次确认以来已经过了数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的是被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决突然出现的Phenomenon而组织了特殊部队。总务省情报管理厅管辖扩张现实特殊战略队群特别攻击队——又名扩张少女系三重奏。
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
