故事以中国神话故事为蓝本，讲述了上古神魔大战之后，盘古大神将自己的力量化为星曜之力，传承给守护人间安宁的神裔族。许久之后，邪恶力量再次袭来，拥有神秘身世的主人公磐正被卷入上古神器之争中，阴差阳错穿越时空来到了两千年后的现代。怀揣着对梦想的执着与对师父的约定，磐正与新结识的伙伴们团结一致，勇往直前，勇敢对抗妄图颠覆世界的邪恶势力，为保护和平而不懈努力。最终，主人公及其同伴在一起游历神州大地的冒险中，领略了中华各地的迷人风光，并团结一致，粉碎了邪恶力量，保护了世界和平。故事以丰富多彩的内容和生动感人的情节，体现了主人公及其同伴积极向上，励志奋斗的精神思想。
1999 年，为了使人进化为“完美的个体”，由NEO（Next Environment Organization）领导并开始实行BESTMAN计划，但是结果是失败了。试验将尊者ヤクスギ进化成了拥有无限再生能力的カンケル（Cancer）。不仅如此，作为整个人类社会的敌人，カンケル的目的就是消灭整个人类，但是首先他就必须要消灭一直保护着人类的共生免疫体——ベターマン（Betterman）。而当时在场的其他几位幸存着则把カンケル存在的消息以一种蛋白质的形式传播出去，并引起人类自毁灭的DNA程式，它所造成的离奇疾病就是アルジャーノン，而这种疾病的目的就是召唤出人类的免役体ベターマン。
这一日，林枫正在林府凝聚武魂，不想，他才刚将剑武魂修炼成雏形，未婚妻姬漫夭就趁机夺走了他的武魂，还导致其差点吐血身亡。与此同时，林枫的精神进入到了葬神之地，葬神之地神秘女子告诉林枫，他可以通过磨灭葬身于此的古神，获得庞大的武道力量跟知识。 现实世界，原本是林家大少爷的林枫因为失去了剑武魂，从而不再受到家仆们的尊重，他们处处针对林枫，就连林枫的妹妹林香儿生病，他们都不愿意出手帮助分毫，直到林枫使用从葬神之地获得到的力量打败了黄阶武魂的强者——林宇宏，林家的人才对林枫的态度有所改观。 另外一边，林枫因为没能很好得控制最新得到的力量，杀死了正在跟自己决斗的秦骁。秦骁乃是秦家大长老的孙子，并且一直受到长老们的宠爱，如今秦骁被害，秦家长老自是不甘，他们一怒之下，跑到了林家府邸，要求林家将林枫双手奉上。
沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
唐门外门弟子唐三，因偷学内门绝学为唐门所不容，跳崖明志时却发现没有死，反而以另外一个身份来到了另一个世界，一个属于武魂的世界，名叫斗罗大陆。这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有神奇的武魂。这里的每个人，在自己六岁的时候，都会在武魂殿中令武魂觉醒。武魂有动物，有植物，有器物，武魂可以辅助人们的日常生活。而其中一些特别出色的武魂却可以用来修炼并进行战斗，这个职业，是斗罗大陆上最为强大也是最荣耀的职业“魂师”。 小小的唐三在圣魂村开始了他的魂师修炼之路，并萌生了振兴唐门的梦想。当唐门暗器来到斗罗大陆，当唐三武魂觉醒，他能否在这片武魂的世界再铸唐门的辉煌？
谭乐在意外获得银河武器唤醒托宝战士后，就一直承担着守护地球和平的职责，在他的努力下，地球风平浪静。直到有一天，独角兽星球的公主左兰来到地球回收银河武器。与谭乐相遇后，她被谭乐与托宝的友谊打动，加入了银河侦探团，一起对抗邪恶力量。与此同时，征服者蒲尔萨的得力干将史达林来到地球，企图抢夺银河武器统治世界。在谭乐、左兰和托宝战士们的共同努力下，史达林被击败了，他的野心没有得逞，地球再一次归于和平。
