圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的7名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与7名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与servant中的剑士Saber（セイバー）订定契约，被卷入圣杯战争当中...
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直到他遭遇冷静干练的两仪式（坂本真绫 配音），命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年，失去了未来视能力的瓶仓光瑠（石田彰 配音）转行做了绘本画家，命运安排他和两仪式及其女儿未那（金元寿子 配音）相逢，此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母……本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。
半月关之事告一段落，谢怜受神武大帝君吾的传唤回天庭述职，却意外得知有神官在鬼市附近施法求救。而鬼市如今的主人“血雨探花”花城，正是七日前突然辞别的红衣少年三郎。此事疑点重重，谢怜自愿请命，与风师青玄、东方武神郎千秋一同秘访鬼市探查真相……
一个雷雨交加的夜晚，寺庙僧人捡到了一只被遗弃的小猫，并为它取名为“小杏”，数十年后，小杏竟然长成了一只会说人话的巨大“猫妖”。在一次偶然的契机下，少女花梨与猫妖小杏展开了一场穿越地狱的奇幻冒险之旅……
