只因自小身负异能，便被视为不祥之人。从小就被亲生父亲抛弃，寄养在灵云山上。16年后又因自己同父异母的妹妹不愿嫁给性情古怪冷酷残暴王爷，父亲便狠心将自己李代桃僵的嫁入王府。然而新婚之夜竟然.....
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
故事讲述的是一名叫“叶麟”的二十八中男生被同班的女生欺负和反欺负的故事。这些女生中有来自小时候欺负他的青梅竹马、有被视为正义魔人的班长、有胆小害羞患有“被迫害妄想症”的白富美学习委员、有身材健美四肢发达但头脑简单的学习委员、有极度腹黑冷血的文艺委员、还有个同母异父的混血妹妹，在这样一群女孩子的夹攻中，男主角如何能独善其身，不被女孩子欺负呢？
