大宝和彦（置鮎龙太郎 配音）课长，33岁，单身，没有女朋友的时间为33年。喜欢悬挂猛男海报、喜欢阅读同性读物、明显对同性有性冲动、常常出入同志酒吧的他，是个彻头彻尾的纯基佬，而他本人居然完全没有察觉到自己是个同性恋者。 但是随着同事们的各种猜测，母亲寄来的明信片劝他认清性取向，以及新入社员原田龙（野岛健儿 配音）的表白，课长他终于觉醒了。课长决定和原田君交往，二人自此沉浸在爱河之中。很快，一个新问题横在了这对恋人之间，由于长时间情感空白，课长的初体验迟迟不能完成，他会如何解决……
在遥远的宇宙中，一颗叫做布兰星的星球，居住着金木水火土五大蚂蚁神族，心怀和平梦想，蚂蚁皇后派出五大神族的精英：金童童、木吞吞、水灵灵、火聪聪、土豆豆，带着拥有五常文化的定界天碑，欲将仁、义、礼、智、信传扬宇宙，却在星际穿梭途中遭遇黑蚂蚁兄弟雷震震和风小小破坏，导致组成定界天碑的五常灵珠散落地球世界各地。为了找回灵珠，小蚂蚁开始了追寻梦想的环球冒险，在世界各地展开了一场又一场奇幻萌趣的争夺。
延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。
