在仙魔共存之世，桃山大王小桃花因与宿敌打架不慎跌下山头化为原型一束桃枝，却被一个名为长留的俊俏僧人捡回庙中悉心照料。桃花渐渐对长留产生感情，但长留似乎对桃花有所隐瞒，还牵扯到一段不为人知的过去。
在一个英雄的殿堂中，历代铠甲勇士齐聚。各个主角铠甲回顾自己与邪恶势力作斗争，捍卫人类，保护地球的传奇故事。炎龙侠带着五行的力量对抗来自暗影世界的异能兽，守卫着地球的生灵与繁荣；深谙天地人法合一力量的刑天铠甲，用勇气和坚定的意志击退了邪恶的力量，维护了地球的和平与安宁；在欧克瑟妄图统治世界的时候，拿瓦铠甲利用火、风、水、土的力量阻止了人间的生灵涂炭；来自未来的捕将铠甲，挫败了僵傀们一次次的阴谋，维护了世界的和平与正义。
故事讲述的是一只名叫Trico的羊，因为分享新想法而在羊群中制造混乱，一只潜伏的狼等着扑来。
住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。
