2015年，涩谷。在从6年前发生的大灾害“涩谷地震”当中复兴的城市所新设的私立高中“碧朋学园”就读的少年宫代拓留，追寻着作为自身设立的新闻部活动一环的、被称作“新时代疯狂的再来”的连续杀人事件……
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
