藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
奇利男谢洛（森久保祥太郎 配音）是大陆最强魔术士查尔德曼（中田让治 配音）的得意弟子，在获得了“钢之继承者”的名号之后，谢洛离开了牙之塔，化名欧菲踏上了寻找姐姐阿丽莎的旅途。虽然阿丽莎已经异形化，并且犯下了滔天的罪行，但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。 在旅途中，欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥（大久保瑠美 配音），和非常崇拜欧菲，拜他为师的青年马吉克（小林裕介 配音），三人结伴而行，与此同时，欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友，决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。
盛唐之时，蜀中有东杨西白、北鲜南宫，称锦四家。四家代代为官为商，彼此关系盘根错节、互为姻戚，踞于蜀郡睥睨四方，一时无人能匹。少女丹华承母衣钵入左骁卫从军，值此山雨欲来之际，与师兄校尉李岩承友人南宫家主南宫启之邀暂住成都，却未想连遇险案，直直撞进了漩涡中心……
超级雪崩把玄蚂军团和鸡佬喔冲上了天，大家一起开启了穿越时空之旅！在穿越途中，鸡佬喔感染了超级病毒，幵且把病毒传播到了新的吃鸡战场！那么，玄蚂军团能否战胜病毒，成功吃鸡呢？
