沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
时为近未来，人类的心理状态和性格倾向都变得可测定且数值化。人们把这一测定值俗称为“PSYCHO-PASS”，并以此数值为指标积极地迈向“好的人生”。而犯罪也是通过数值来处理。厚生省公安局的刑警们由拥有高犯罪系数、为犯罪者心理所迫的猎犬“执行官”和拥有冷静的判断力、指挥执行官的精英人物“监视官”组成队伍，以由总括生涯福祉支援系统“西比拉系统”所解析的与犯罪相关的数值“犯罪系数”为依据，守护着都市的治安。他们追捕那些数值超过规定值的、有犯罪危险性的犯罪者“潜在犯”，并利用可以瞬时测定“犯罪系数”的断罪之枪“Dominator”将其处决。监视官常守朱经历了无法正确解析“犯罪系数”的“免罪体质者”槙岛圣护的事件，作为一名刑警逐渐成长，并得知了西比拉系统的真相。她依然信守人性与法律秩序，遵从系统的指示，率领新生的刑事课一系，每天与犯罪者对抗着。然而，足以动摇系统的怪物正在他们面前悄悄潜伏着，而他们却对此一无所知
自从人类的和平与幻想被超大型巨人打破的那天起，艾伦·耶格尔便每天持续着没有尽头的战斗。因为眼睁睁地看着无力抵抗的母亲被巨人吃掉，艾伦发誓要将世间的巨人一只不留地驱逐出去。但是，在严酷的战斗中，艾伦自己也变成了巨人。为了人类的自由，艾伦施展着巨人的力量，并在希娜之墙的史托黑斯区和女巨人发生了激烈的冲突。在这场巨人间的战斗中，艾伦最终胜出了。即便如此，艾伦以及人类的休息时刻也不会到来。下一轮的战斗已经宣告开始。对于逼近罗塞之墙的巨人大群，人类将如何面对？
人类消失后，地球经历了漫长的岁月。 位于日本首都东京银座的「银河楼」酒店，至今仍在营业中。 工作人员是以酒店机器人八千代为中心，在各个部门工作的员工机器人们。它们一边等待老板的归来和再次迎接人类的时刻，一边在没有住客的酒店里专心致志地工作，这样的日子仿佛永无止境。 而对于这样的八千代等人，现在，小小的奇迹即将发生——
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
