动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
满是高岭之花的贵族学校，学院的第一大小姐竟然毫无生活自理能力！友成伊月在阴错阳差之下，卷入日本顶尖大财团的大小姐・此花雏子的绑架事件。之后为了生活，受顾成为此花雏子的侍从。因为家庭的关系，雏子在学校必须扮演一个「完美的大小姐」。在外是才色兼备的大小姐，但真实身份却是毫无生活自理能力的懒散女孩。伊月想要守护这样的她，便努力照顾她的生活——
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
