不思议的风吹翻了书的页数，不应绽放的古木樱花开花的那一天，通往异世界的门打开了。寻找著与自己失散了的朋友的苍真，进入了一个居住着兽人和有怪兽在四处徘徊的奇幻世界。 在这个世界，苍真得到可以知道对方思想的“心剑”，成为了一个“心剑士”而且得到力量。不过，这个传说中的心剑士身处的世界，有三个不同的国家，而兽人就是其中一个。不知不觉中，苍真也跌入了这场充满阴谋旋涡的国家领土的纠纷和战乱中。必须紧紧握着手中的“心剑”，在战场中奋战。 但是，苍真在战场与敌国的心剑士相遇了，那是熟悉的身影，正是找寻已久的挚友。握著能知道对方心思的剑的少年们，描写出一个触动人心的物语。
小林（田村睦心 配音）是一位非常平凡的程序员，在一次偶然之中救了一条名叫托尔（桑原由气 配音）的龙，为了报答小林的救命之恩，托尔化身成为了女仆的样子来到了小林家中，就这样，小林和龙女仆的同居生活就此拉开序幕。 古灵精怪我行我素的康娜卡姆依（长绳麻理亚 配音）、对人类有着非常深的成见，但似乎不太聪明的样子的艾露玛（高田忧希 配音）、心思细腻温柔又稳重的大姐姐露科亚（高桥未奈美 配音）、痛恨着人类，但又无法自持的被人类所发明出来的游戏所吸引的法夫纳（小野大辅 配音），自托尔之后，小林的身边接二连三的出现了这些性格迥异的龙族们。
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
天尊山降临，灵宝母鼎现世，引发诸神王对“苍天印”、“后土印”、“万民印”的疯狂争夺。初为人父的秦羽为救兄弟侯费，卷入与血海女王等强敌的对抗。当姜澜夺得后土印成为众矢之的，秦羽展现出惊人实力震慑群雄。 然而，万民印的出现带来更惨烈的厮杀。血海女王不惜血染神王夺得万民印，秦羽为夺回此印怒斩强敌。为终结这场纷争，他设下计谋，将觊觎者引入自己的神秘领域，并在此了结宿怨。 最终，三印合一，新的天尊诞生。但旧日恩怨未消，天尊级强者前来寻仇，却引发了意想不到的后果。秦羽的命运，也随之走向一个超越所有神王想象的未知境界。
《明日方舟》衍生迷你剧《鲤氏侦探事务所》
