故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
第一部分：假面骑士Decade ～完结篇～ 骑士大战终于开始，世界的破坏者Decade将假面骑士们逐一打败。夏海为了阻止士而和KIVA-LA订下契约，变身为假面骑士KIVA-LA与Decade展开战斗。最终，KIVA-LA一剑刺穿了Decade……各骑士的世界恢复了原样，但Decade的世界却消失了。哀伤的众骑士一起回忆与士并肩作战的日子，而此时，过去的士从各人的回忆中复活！另一方面，超级死神博士与佐鲁大佐、蜂女共同组建超修卡，并制造出Neo生命体杜拉斯…… 第二部分：假面骑士W ～Begins Night～ 鸣海侦探事务所这次受“风都”人气歌手安纱美所托，负责调查安纱美亡姐突然出现的不可思议事件。在调查过程中，已去世的前所长鸣海庄吉竟然出现在翔太郎他们的面前，并变身为假面骑士Skull与之战斗。在与庄吉战斗的时侯，翔太郎逐渐回忆起庄吉逝去的那一夜，也是他与菲利普共同成为W的那一夜…… 第三部分：MOVIE大战2010 Decade与W命运般地相遇，并与全平成骑士一同对战超修卡的巨大要塞！
