讲述了蚩尤身为实力强大的兵主，肉身虽死但其神魂不散，传说千万年轮回后，人族中将有一人继承蚩尤兵主之魂一统山海界，打破黄帝设下的桎梏重返炎黄大陆。随着临海城一位名叫黎石的少年长大，兵主之魂显现，巫族和妖族暗流涌动，为称霸山海界正酝酿一场巨大的人间浩劫的故事。
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
拥有龙珠雷达的少女布玛为了收集传说中的七龙珠来到山里并结识了13岁的少年孙悟空。
传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报仇，与魔头渊皇同归于尽。岂料因为神秘力量的干涉，他又在重启的新纪元中重生。为守护从大劫中被神秘人传承下来的问剑宗，为了相同的惨剧不再上演，林飞决心从一名边缘弟子做起，修万剑之道，集群英之力，破天道大劫，续文明火种。
