六千年前，魔神皇枫秀与七十二根魔神柱从天而降，所有生物沾染魔神柱散发的气息，立刻会变异成魔族生物，人类随之进入黑暗年代。随后，人类强者自行组织六大圣殿，阻挡魔族前进的脚步，逐渐形成人魔共存的局面。 主角龙皓晨，为救母加入六大圣殿之一的骑士圣殿成为一名骑士，在一步步成长冒险中，奇遇，诡计，命运般的爱情与友情不断在他身上上演。龙皓晨坚守骑士精神，通过自己的人格与努力，赢得他人认可。他先是与六大圣殿其他天才少年组成“1号猎魔团”对抗魔族，为人类的生存与尊严奋战。同时不惜献出生命，守护自己的伙伴与最珍贵的爱人。而世界的局势变化难测，更多的阴谋在酝酿，更深的秘密也等着他却揭开。 而最终龙皓晨是否能赢得神印王座的认可，登上骑士圣殿的最高荣耀，同时他又是否能面对所有真相揭开的那一刻，化解整个世界最大的危机，一切都有待揭晓。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
男高中生比企谷八幡（江口拓也 配音）性格别扭，孤僻乖张，既交不上朋友，也不敢跟女生说话。老师布置了“回顾高中生活”的作业，他却通篇愤世嫉俗之言，最后还发出了“给我爆炸吧”的诅咒。老师因此强行将他带去了只有一个部员的“侍奉部”，希望可以改变他的性格。这个社团的活动，就是拥有者将以慈悲之心施予贫乏者，简单地说，就是侍奉部里的志愿者向有困难的人伸出援手。侍奉部部长就是校内无人不晓的雪之下雪乃（早见沙织 配音），她头脑聪明，长相可爱，却为人高傲。雪之下要纠正比企谷的问题，而他却表示不必。因此老师提议他们决一胜负，赢的人就可以随意命令输的人。 比企谷与雪之下接触之后，发现女神级别的她也有自己的烦恼，两人似乎有相似之处。想提出交朋友要求的比企谷，被高贵冷艳的雪之下一口回绝。这对男女真的能在侍奉部里谱写出恋爱物语吗，还是注定只是一个错误的青春喜剧？
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
