从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
在遥远的宇宙中，一颗叫做布兰星的星球，居住着金木水火土五大蚂蚁神族，心怀和平梦想，蚂蚁皇后派出五大神族的精英：金童童、木吞吞、水灵灵、火聪聪、土豆豆，带着拥有五常文化的定界天碑，欲将仁、义、礼、智、信传扬宇宙，却在星际穿梭途中遭遇黑蚂蚁兄弟雷震震和风小小破坏，导致组成定界天碑的五常灵珠散落地球世界各地。为了找回灵珠，小蚂蚁开始了追寻梦想的环球冒险，在世界各地展开了一场又一场奇幻萌趣的争夺。
日本关东经历了摧毁文明的大地震，这样一个无政府的关东，无数的人间惨剧在不断上演。
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境。
