该片讲述秋季之后的故事，从原作漫画第7集的剧情接续下去。除了小野寺小咲的妹妹小野寺春、小野寺春的好友小风和从美国飞来的宝拉·马可伊之外，其他还有千棘的母亲桐崎华等个性鲜明的新人物也将陆续登场。
經過七個特異點的戰鬥，人理延續保障機構‧迦勒底終於來到了聖杯探索的最終地點——冠位時間神殿所羅門。要奪回人類的未來，必先要打倒所有事情的元兇‧魔術王所羅門。在迎來最終決戰之前，各人都有自己的安排。 羅馬尼．阿基曼思考自己將要作出的選擇、瑪修則因自己尚餘不多的日子，心裡充滿千愁萬緒。而藤丸則為了最後戰役，穿上新的禮裝。 賭上過往大大小小的相遇，以及眾多的未來，藤丸與瑪修踏上征途……
延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。
故事发生在名为“MERMAID”的人工岛上，处女守（井泽美香子 配音）被送往了这座小岛之上，却在刚刚登岛没多久就遭到了袭击，在生死攸关的紧要关头，一位名叫敷岛魅零（井口裕香 配音）的金发美少女登场，然而，敌人实在太过于强大，就算是魅零也渐渐感到力不从心，就在这节骨眼上，魅零竟然吻了守，让守不敢相信的是，自己竟然化身为了一柄长刀成为了魅零的武器，两人合作战胜了敌人。 原来，在岛上还生活着许许多多和守一样的人，个性大大咧咧的守财奴樱美凤（久保由利香 配音）、英俊潇洒的柊晶（芳野由奈 配音）、我行我素不受管制的莲实玲音（大西沙织 配音）等人，他们的共同目标只有一个，就是离开这座岛屿。
