在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
章总章总，有个大人物要见你。正在埋头看文件的章雨抬头瞥了他一眼又低头，才悠悠地问，哪个大人物要见我？顾东阳。哦，我还以为什么了不得的大人物呢。顾东阳，不认识。章雨漫不经心的说。我怎么说也跟你同在一个屋檐下住了无数个日夜，你居然说不认识我，是不是非得我做点什么你才能想起我是谁？顾东阳英姿笔挺的走进来，全然不顾里面的人惊讶的眼神直接走到章雨身边捏着她的下巴逼她与他对视，好好看看，认不认识我？
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
