一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
章总章总，有个大人物要见你。正在埋头看文件的章雨抬头瞥了他一眼又低头，才悠悠地问，哪个大人物要见我？顾东阳。哦，我还以为什么了不得的大人物呢。顾东阳，不认识。章雨漫不经心的说。我怎么说也跟你同在一个屋檐下住了无数个日夜，你居然说不认识我，是不是非得我做点什么你才能想起我是谁？顾东阳英姿笔挺的走进来，全然不顾里面的人惊讶的眼神直接走到章雨身边捏着她的下巴逼她与他对视，好好看看，认不认识我？
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
