在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
“流星塾”出身的“园田真理”，收到了来自父亲“花形”寄来的不明物品：“Faiz Gear和其专属机车”。为了问明父亲的用意，真理前往位于东京的巨大企业“SmartBrain”拜访父亲。途中遇上到处旅行的“干巧”，因真理放Faiz Gear的旅行袋和干巧被偷走的旅行袋一样而产生误会。正在争执的时候，两人被突然出现的不明怪物袭击．．．。 “把Faiz腰带交出来！” 另一边，“木场勇治”是一位家境富裕，父母慈祥和蔼，有交往将满一年女友的幸福青年。一场车祸夺走勇治双亲的性命也令勇治陷入昏睡。两年后，在勇治心跳停止，医生宣告死亡的当晚，“木场勇治”再次醒了过来．．．。
