在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
物語は新たなステージへ── 『POP IN ２』のリリースから半年。 ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。 アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。 一方で、かなは以前の明るさを失っていた。 そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。 ────嘘を、武器にして。
平凡的高一学生陆水银，喜欢校内第一的大小姐陆怜。 但陆怜突然不可思议地被诱拐到盗墓游戏的世界中， 追着她的水银也在美少女向导双子星的邀请下前往那个世界。 之后，他接过已被加以百亿课金的终端。 水银为了守护陆怜，成为游戏世界最后的“守墓人”，参加与“盗墓者”之间的攻防战。 在战斗的途中，他们的秘密也逐渐揭晓——。
十万年前，仙界诛仙混战，众神陨落，一本暗藏玄机的《生死天书》落入人间。青年考古学家陆云在一次科考中无意中闯入一间根本无法辨别年代的墓室，至此平静的生活被打破，开始了寻找各种谜团的惊险历程。 被天书拖入仙界的陆云以琅邪天玄州州牧的身份掌管玄州城，刚来到仙界就遇上第一个难题，陆云任期将至，玄州各大世家对州牧之位虎视眈眈，为了能继续任职，无法修炼的陆云带着自己的女使潜入玄赤山大墓寻找能够改变体质的九窍金丹，为躲避仇家暗算，陆云和女使潜入墓穴深处，主仆两人先后遭遇千年尸怪的追赶，成群的尸蝇，诡异的石灵后意外躲进一个暗香四溢的女子闺房，画像上的女子美若天仙，陆云下意识的触碰，激发出体内生死天书的力量，谁知画像上的女子竟是上届玄州州牧的丹仙煜影，也是天书中记载的第一位轮回使者。 有了丹仙的调养，陆云顺利改变体质，通过与琅邪天帝的谈判暂时保住自己的身份，本以为事情就此告一段落。陆云每晚在梦中总能看见一些不属于自己记忆的片段，一次挽风进入陆云房内，看见沉睡的陆云体内的天书疯狂震动，伴随着周身九龙抬棺之异景。为解开天书之谜，陆云根据书中的提示前往毗邻玄河的玄水城查找真相，此时正值玄河大祭，维持百年的活婴献祭使玄水城早已没了生机，百姓想方设法将幼童藏入暗室，襁褓婴儿更是被放进铺满厚棉花的木箱中，要救孩童，陆云必须潜入玄河一探究竟。 满目疮痍的玄河水宫早已被隐藏在黑暗中的乾达婆怪物霸占，陆运等人还未从触目惊心的怪物群中脱险，又受到已经魔化的玄河河神的攻击，为救同伴卿寒，陆云以浮生图为武器，生生逼出体内操控生死天书的力量收服河神，并且又得到了一门新的技能，至此已经是陆云收服第四位轮回使者，每位轮回使者都分别代表了符道、武道、阵法、炼器的等不同方面的最强。陆云步步逼近天书的真相，即便是与天地为敌，四海为伍，此时坐在九重天之上的咒王看着陆云露出微笑：“哼，不自量力的蝼蚁...”
旭丘分校的学生只有5人。即使学年和性格都各不相同，也总是在四季变换中一同享受着乡村生活。某天，旭丘分校的众人在百货店的抽奖中抽到了特等奖冲绳旅行券。于是，大家利用暑假时间前往冲绳……
高中生弘树和彼方从小形影不离,感情非常好。一日弘树遇到了车祸,而出壳的灵魂却看到自己安然无恙的又活了过来。原来是具有神秘力量的少女PHALEI一直因为被认为会毁灭祖国而被关在黑暗的地牢里,身体也一直停留在14岁状态,她找到弘树的灵魂成为她追求的光芒。于是制造了车祸想夺走弘树，弘树进入了彼方的身体,和另一个自己对面,争执中两人落入大海。PHALEI发现无法强求到爱,于是把时间拨回到弘树出车祸的时刻,借助彼方的力量,在重演的事件里弘树成功生还,灵魂也终于回到了自己的身体里。
故事以史上首个自律人型AI「Vivy」为主角，是以「歌声带给众人幸福」为使命的「歌姬」。某日自称来自100年后的AI「松本（マツモト）」突然出现，并表示自己将与Vivy共同修正历史、避免100年后人类与AI发生战争，使Vivy踏上破坏AI的旅途。
