故事的舞台在现代的东京。在这个世界中魔法使的存在被认为是很普通的事情。只要通过正式的办理手续，谁都可以成为拥有魔法的魔法使。虽然如此，但它和我们所住的世界还是没什么区别的。电视、移动电话、电脑这些东西也都有，汽车也是靠汽油开动的.为了营造画面真实感，片中的场景就像建筑广告，而熙来攘往的人群、电车，都与现实世界无二
故事发生在洋溢着青春气息的神奈川高中内，祇园健次（千叶翔也 配音）是刚刚进入这所学校就读的高一新生，在阴差阳错之下，他结识了名为石清水澄明（安达勇人 配音）的男生。石清水澄明虽然拥有高大壮硕的身材，性格却格外的懦弱胆小，刚进学校没多久就遭到了高年级同学的霸凌，健次身材娇小，但脾气却很爆，多亏了有他的帮助，石清水澄明才勉强脱身，健次也因此得到了加入橄榄球社团的契机，成为了一名橄榄球预备队员。 在球队里，健次结识了很多志同道合的伙伴，最为年长德高望重的赤山濯也（细谷佳正 配音）、整天笑嘻嘻的好好先生八王子睦（逢坂良太 配音）以及拥有丰富的比赛经验，性格十分傲慢的大原野越吾（小野贤章 配音）。
1889年，世界正处于工业革命蓬勃发展的时代，国与国之间交往密切，距离一下子被拉近。然而贪婪仍是主流，欧洲列强在亚非地区展开掠夺，战争的阴影始终笼罩在世界的上空。当年在法国巴黎举行的万国博览会上，酷爱发明的14少年让（日高のり子 音）结识了来自马戏团的女孩娜蒂娅（鷹森淑乃 音）。黑色的头发、褐色的皮肤以及周身散发的神秘气质另让倍感好奇，而他很快便和娜蒂娅卷入一场纷争之中。钟爱宝石的格兰蒂斯及其两个手下汤姆和汉森对娜蒂娅胸前佩戴的蓝宝石展开围追堵截，他们此时还不知道，这块宝石隐藏着惊人的秘密。在接下来的日子里，让和娜蒂娅围绕这颗宝石展开了一连串的大冒险…… 本片根据科幻小说《海底两万里》和《神秘之岛》改编。
