历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。据说那堵墙的另一边是一个从未见过的世界。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。时间流转，现在墙壁被巨人毁坏，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，希丝特莉亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，新体制的利威尔班建成了。开始行动后，阻拦在他们面前的，是最强最恶的敌人。
御門 千早は容姿端麗・文武両道だが、外交官である父親の納得できない行動が原因で男性不信となり、それが通っている高校でも影響し、ついには人間不信になり登校拒否になっていた。それを見かねた母・妙子の強制により、妙子がかつて通っていた『聖應女学院』に『妃宮 千早』として『女装』して転校する羽目となってしまう。 学院では以前ナンパ男から助けてくれた少女・薫子と再会し、寮生活を始める。千早の美しい容姿と嫋やかな振る舞い、優秀な成績から次第に生徒達の注目を集めていく。
