次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物，但是作为一个有自主意识的人造人，次郎的思维装置——良心回路在完成的时候出了问题。人类害怕次郎，因为次郎可以不断学习，最后超越人类；而机器人也讨厌次郎，因为拥有良心回路的机器人更加接近人类。并且，有良心回路的机器人是可以拒绝命令的，这更是让次郎被人类和机器人两边都排斥的原因。 在于基路教授战斗中，次郎一边通过战斗学习促使良心回路成长，一边寻找光明寺博士的下落。这时，自称次郎的弟弟的人造人三郎为了确认自己存在的意义而向次郎发起了挑战，而让次郎无法还手的利用就是，冷酷的基路教授把光明寺博士的脑放在了三郎体内！！
故事发生在风景秀丽的百花村，在那里，生活着一个名为马良（邵亦琛 饰）的男孩，马良虽然顽皮，却热爱画画，颇有天赋。某日，大将军（孟祥龙 配音）和小皇帝（王晓彤 配音）的到来打破了村庄内宁静的气氛，他们得知在村庄地下埋藏着价值连城的金矿，于是企图赶走全部村民，展开挖掘行动。 泼墨仙人（吴文伦 配音）预感到百花村将有大难，于是将神笔赐予马良，让马良利用神笔化虚为实的神奇力量，保卫村民们赖以生存的家园。小皇帝见识到了神笔的威力，想要将它据为己有。大将军设计骗过了单纯善良的马良，并且准备利用神笔，将整个村庄毁灭。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
