水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
明治时代后期。别名“不死身的杉元”的日俄战争英雄·杉元佐一，为了某个目的而前往能够发大财的北海道。在那里，有着从阿伊努人手中夺走的莫大藏金这一能够一攫千金的机会。藏金被收监于网走监狱的男人所隐匿，而24名越狱犯身上所刻的刺青则是指示其所在地的线索。此时，遭到棕熊袭击的杉元，被一位阿伊努少女所救。名叫阿席莉帕的这位少女，她的父亲被夺走藏金的男人杀害。不止如此，仿佛与杉元的行动相呼应一般，早就对藏金虎视眈眈的北方最强部队·第七师团以及背负着刺青的越狱犯们的行动也开始浮出水面。以壮阔的北方大地为舞台，这场一攫千金求生行动究竟会如何发展……！？
一名有沟通障碍，却被众人称为救世主的内向少年，驾驶一架具备自主意识的大型机器人，跟随宇宙战舰离开地球，踏上消灭银河怪兽的旅程。不料却在最终决战时意外落败，当下大型机器人决定启动自爆机能，并利用逃生舱将少年送回地球。只不过当少年平安抵达地球后，映入眼中的竟是一片雪白、毫无生机的结冻地球……
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
