故事发生在洋溢着青春气息的校园里，在这里，活跃着各种各样的可爱的女孩子们。 虽然成绩非常的优秀但实际上整个人都有些天然呆的椎名心实（佐藤聪美 配音）、个性活泼开朗非常热爱广播事业的樱井明音（佐藤利奈 配音）、看上去非常冷淡但是实际上拥有一颗炙热心灵的村上文绪（名冢佳织 配音）、虽然是来自法国的留学生，但是对日本的一切文化都充满了好奇心和热情的克洛伊·勒梅尔（丹下樱 配音）、对可爱的女孩子完全没有抵抗力，到哪里都带着单反照相机的望月艾蕾娜（原田瞳 配音），被这些个性迥异的女生们环绕的日常就此拉开了序幕。
打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
漫画《中之人基因组【实况中】》宣布了动画化企划进行中的消息，引起轰动的原因不明的连续少年少女失踪事件。《中之人基因组》，在游戏实况者之间成为话题的神秘免费游戏。通称，失踪游戏。据称，在即将通关之际就消失的玩家源源不断。失踪的游戏实况者们被人为地与外界隔离，集合到某座岛上。在那里，他们所接受的命令，是通过必须在现实中通关的各种游戏，来达成一亿的播放数。8名人气实况者所带来的，以能否回归为赌注的真实游戏《中之人基因组》的实况开始了——
