故事发生在圣夜学院中，亚梦（伊藤加奈惠 配音）是校园里有名的“刺头”，因为她不仅外表凶狠凌厉，有时说话还十分毒舌。然而，这却并非真实的亚梦。亚梦其实十分胆小害羞，她不过是用强硬的外在作为伪装，将其变成能够自我保护的堡垒罢了。 终于有一天，亚梦再也无法忍受生活中旁人对她的诸多误会和误解了，她决定改变，亚梦向“守护灵”祈愿，希望自己的愿望能够成真。让亚梦没有想到的是，第二天，她的床上竟然多了三只守护蛋，守护蛋里装着的，是三名可爱善良的“守护甜心”——小兰（阿澄佳奈 配音）、美琪（加藤奈奈绘 配音）和小丝（丰崎爱生）。在他们的帮助下，亚梦能否重塑自己的形象呢？
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
2000年。在长野山中的九郎岳，正在进行某座神秘遗迹的挖掘工作，遗迹内的一具棺木中藏有一个佩戴石化腰带的古尸。 孰不知当调查团将棺木开启时，亦因此唤醒了它的死敌『古郎基』。调查团立即遭到未确认生命体的袭击而全数死亡。而在为了查出调查团被杀案件的线索，正在遗迹现场调查中的长野县刑警一条薰面前，有一名青年突然擅自闯入。这名被一条拦下的青年，他自称为冒险家五代雄介。 终于复活的未确认生命体在长野近郊出现，并开始对人们恣意袭击，甚至一路冲进警局。在场的雄介感应到从遗迹出土，由警方保管的腰带状遗物所传来的战士形象，在冒险家的直觉下将之着装于腰部。雄介的身体也随之覆上一层装甲，变身后的雄介与袭击警局的未确认生命体经过一场苦战后终于将其击倒。 随着未确认生命体不断出现于大城市东京， 五代雄介下定决心为了让周遭的人们免于恐惧，守护他们的笑容而战…… 新一代假面骑士『空我』诞生！
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
