电视动画《神无月的巫女》改编自日本漫画家介错原作的同名漫画。2004年6月22日，《神无月的巫女》动画官网开启。在漫画杂志《月刊少年Ace》2004年8月号（6月26日发售）上，正式发表了《神无月的巫女》TV动画化的决定。电视动画于2004年10月1日首播，全12集。远古之神"大蛇"企图灭世，因而产生了两位救世巫女。两位巫女经由不停地轮回转世，相遇后以两人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、却为"日之巫女“转世的来栖川姬子以及"月之巫女"的转世姬宫千歌音，为了再次封印大蛇，不得不想办法召唤传说中的剑神"天之丛云"。大蛇的八个仆人们(人性的八个黑暗面)为阻止两人召唤天之丛云，而屡次对她们发动袭击；这时，原本应该是"大蛇"之一、排名顺序七的大神相马因为暗恋姬子已久，而背叛了大蛇的意志，屡次地拯救她们，但却又引发了另一场风波。不停轮回的两人，无法分离的命运，这是身为“神无月之巫女”的命运。
故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後 講述了兩名以高超的武藝廣為人知的傭兵，亞修和羅瑟的故事
市川京太郎是个沉迷于《杀人大百科》和《解剖图鉴》这类书籍、中二病病入膏肓的男生。就在市川沉浸于自己安静的世界时，班上的风云人物·山田杏奈突然闯了进来！她在图书室狼吞虎咽地吃御饭团，或是哼着小曲儿。有时又突然凑得很近……面对山田难以预测的言行，市川虽然困惑不已，却不知不觉间满脑子都是山田的身影了。另一方面，山田也在与市川交谈的过程中，逐渐对他的存在在意起来──。 第一次体会到的“喜欢”这种心情。无论是擦肩而过的误会，还是笨拙的心意，两人都一一跨越，彼此的距离虽然缓慢，却无比坚定地逐渐拉近了。
