藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
在很久以前,大地有一棵名为世界树的圣树,魔王札特为了得到世界树的力量.而不择手段,当时世界上的人民. 包括战士村的怪物.魔法森林的怪物,弓手村的怪物,以及后来因为战争而成了废弃都市的盗贼村.以及人类村的5条村的 人民奋勇作战,可惜,战斗途中,世界树选择了自毁重生,自毁后,把种子散步在世界各地,因为圣树世界树是这个世界的支柱.所以一旦毁灭掉的话就很麻烦,在战斗中途因为发生了意外,人类村的村民被其他村的村民误解,被排挤.说世界树的自毁是人类造成的,这只是故事的开端。 过了10年后...5条村分别由怪物和人类分开管理,因为种族的分歧,而不断修炼,祈求得到世界树种子的神秘力量统治枫之谷,札特军团死心不惜,也加入抢夺行列,主角阿鲁,是曾经参加保护世界树人类英雄的儿子,也因为他的心,也因为札特军团的各种手段,4条村终于和解了。
在人类与敌人——“Unknown”持续战争的世界。 数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们，从沉睡中醒来之时，得知自己的身体中被发现了超自然的力量——“世界”。为了从出现在东京湾的“Unknown”手中保护国家，少年少女们在东京、神奈川、千叶的各防卫都市展开战斗。 东京由相乐总、神奈川由橘公司、千叶由渡航担当，创造出“QUALIDEA”的世界。 数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们，现在终于从沉睡中醒来，而他们得到了新的力量“世界”，朱雀一弥和宇多良金丝雀也是其中之一。各都市的代表齐聚一堂，就在三都市例会结束后湾岸部Aqua Line南方海域确认了大规模的Unknown出现反应，东京、神奈川、千叶防卫都市三校立即展开迎击。 公主在消灭Unknown的时候失手摧毁了重要的设施，修缮aqua line的任务就落在了各都市的代表头上，朱雀等人靠着自己的力量加快了修缮的进度，刚刚修缮完毕aqua line，新的任务就出现了。青生的世界可以扫描他人的视觉、听觉及主观印象再重播给别人，朱雀等人从目击者的角度看到了海里疑似Unknown的存在，搜寻任务立即开始。Aqua line海萤前面海域出现了超巨大Unknown，这是比之前最大的特里同级还要大的新型，管理局将此新型暂称为利维坦级，明早在日出时分三校将同时前去讨伐，这是与此前截然不同的战斗。为了证明自己的朱雀提前赶赴现场，金丝雀发现后也前来支援，但此次敌人的能力完全超出了他们的想象。金丝雀的负伤让朱雀非常的内疚与自责，三校的代表全都聚集了过来，开始向利维坦级Unknown展开攻势，但即便是公主的全力一击也无法伤及它的一分一毫。恢复精神的朱雀立即组织人员开始反击，各地的战斗人员全都积极加入了战斗。从医院中醒来的金丝雀得知大家都在战斗后执意前往战场，她的歌声鼓舞了所有的人。
“瞒着妻子……会害怕吗？ ” 礼司和妻子、亲友夫妇一起访问了旅馆4天3夜。 明明是以和妻子生孩子为目的的，却被喝醉了的人妻（青梅竹马）从房间里带走了…… 而且本应是贞淑的妻子，在拉门的对面，对挚友……。 在本应该是夫妇一起睡觉的被子里，和别的对象依偎在一起的4人 沉溺于被禁止的“夫妇联欢旅行”——
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
十年，最后的最后
