在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
话说玉皇大帝安排唐僧师徒整理天庭档案后。搞得整个天庭鸡飞狗跳，玉帝被众神仙堵在了凌霄宝殿门口。众仙情绪激动，以不成功便成仁的誓死精神逼迫玉帝撤职查办师徒四人，还要登报道歉，摆酒赔钱。虽然玉帝也早就后悔死了，但毕竟人家是如来佛祖的关系户，而且天庭档案管理的工作又是自己安排的，现在开除他们好像也有点自抽耳光，思量再三，决定祸水要流外人田，让这几个狗血的家伙到自己的远房表哥宙斯和堂兄奥丁那里去。
女高中生铃木的个性开朗、交友甚广、擅长察言观色，是班上的中心人物之一，她喜欢的对象是坐在自己隔壁的男同学谷，而谷的个性与铃木恰恰相反，他内敛沉稳、有主见、待人一视同仁。铃木一直无法鼓起勇气告白，直到某日一个偶然机会，两人放学回家时走在同一条路上，并因此牵起了手。之后两人相互倾诉对彼此的好感，并开始交往，而同学们虽然感到讶异，但也都很支持两人的恋情。
柏木空（田村睦心 配音）是一名平凡的男子高中生，因为父亲是一位冒险家，常常不在家，因此，从很小的时候起柏木空就开始独立生活，变得非常擅长料理家事。这一天，柏木空收到了父亲从埃及寄来的包裹，打开包裹后，一个小小的木乃伊出现在了柏木空的面前，看着这个瑟瑟发抖的迷之生物，柏木空哭笑不得。 就这样，柏木空开始了和木乃伊一起的生活，肩负起了照顾小木乃伊的职责。之后，更多奇形怪状的生物出现在柏木空的身边——个性暴躁贪吃又懒惰的可尼、成熟稳重智商超群的阿勇。
8年陪伴，共证终章！星辰变系列最终季，天尊山降临，灵宝母鼎现世，引发诸神王对“苍天印”、“后土印”、“万民印”的疯狂争夺。初为人父的秦羽为救兄弟侯费，卷入与血海女王等强敌的对抗。当姜澜夺得后土印成为众矢之的，秦羽展现出惊人实力震慑群雄。然而万民印的出现带来更惨烈的厮杀。血海女王不惜血染神王夺得万民印，秦羽为夺回此印怒斩强敌。为终结这场纷争，他设下计谋，将觊觎者引入自己的神秘领域，并在此了结宿怨。最终，三印合一，新的天尊诞生。但旧日恩怨未消，天尊级强者前来寻仇，却引发了意想不到的后果。秦羽的命运，也随之走向一个超越所有神王想象的未知境界。
特别篇主要讲述了千空航海前与龙水打交道的故事。为了换取龙水的航海技术，千空他们要在这个史前社会挖石油……
