这是人类的体内。 许许多多的细胞勤奋工作的世界。 某日白细胞(中性粒细胞)与红细胞，遇见了收留迷路乳酸菌的一般细胞。为了将乳酸菌护送至同伴身边，白细胞(中性粒细胞)与一般细胞向肠道出发。 然而他们却与来者不善的最强敌人重逢。 「我和你们到底谁才是正义的一方，趁这次弄个清楚吧」 再次现身的癌细胞。以及遭到坏菌破坏的肠内环境。 体内遭遇前所未有的大危机！？ 「束手就擒吧 癌细胞！」 为了守护这个世界，白细胞们(中性粒细胞)向赌上世界命运的大战发起挑战。
本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
80年前，山海经里的上古巨兽全球苏醒，人类几乎灭绝。幸存者撤到孤岛，建立虚拟都市A。每晚十点宵禁，怪兽出没，普通人感知不到。少年林小宁因北斗胎记觉醒，召唤出钢铁机甲战兽北北，与冷静天才凌霄、青梅竹马肖筱筱等人，逐一进入七处封印地——并发现：宵禁背后藏着另一层秘密。
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
