随着「雪海」不断扩张，大地几近消失的异世界——人们在巨木「轨道树」的根部和顶部延展出的「天膜」上勉强过着日子。在天膜的少年卡纳与地面的少女莉莉哈相遇之际，改变这即将毁灭的世界的故事就此拉开了帷幕——本作由广受世界各国好评的漫画家贰瓶勉，以及将贰瓶勉的作品高质量动画化的Polygon Pictures联合打造。连载漫画由《兽之奏者》的作画武本系会执笔，电视动画则是由安藤裕章（代表作：《LISTENERS 聆听者》《亚人》）担任导演，描绘了一场宏大的奇幻故事。
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
女高中生织部睦美等人在休学旅行中遭遇空难，漂到了一座孤岛上，而这座岛上，居然有着各种巨大的昆虫！还只是一群高中生的他们，能从这座地狱般的岛上逃出生天吗？
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
现在都市犯罪日益猖蹶时，一个神秘人物崭露头角。他不是警察，也有别于一般私人侦探和保镖，而是位我行我素的侠探，他复姓冴羽，单名獠，人称"城市猎人 "。他身怀绝技，足智多谋，见义勇为而又性情诙谐，即使在难中也要开些超级玩笑：偏偏还能屡屡得到佳人相助，从而演出一幕幕情义交织的精彩活剧……
