醒来后，主角「亚克」发现自己竟然以游戏角色的姿态，被丢进了异世界——全身穿着铠甲，里面却是一副骷髅骨架的“骸骨骑士”。——身份一旦暴露，恐怕会被当成怪物，成为讨伐对象！？亚克决定低调行事，以佣兵的身份活下去。然而，他绝不是那种对眼前的恶行视而不见的男人！在旅途中相遇的精灵战士阿丽亚娜、兽人族的忍者千夜目，以及精灵兽碰太，今天也继续着他们的旅程。凭借一刀两断的痛快与爽快战斗而广受好评的超人气TV动画，万众期待的续集制作决定！骸骨骑士大人毫无自觉的“替天行道”异世界奇幻故事，在此再度登场！！
作为忍者后裔被祖父抚养长大、拥有与动物对话能力的高中生·我妻二郎，某日在森林中遇见了受伤倒地的黑猫·罗睺。 看似普通的黑猫罗睺，其真实身份竟是曾被称为“黑色凶星”的传说级怪物？！ 企图利用罗睺强大力量的怪物暗影悄然逼近…… 与此同时，负责监视与清除怪物的国家秘密组织“公仪隐密局”也介入其中。 在各方势力围绕罗睺之力展开激烈角逐的漩涡中，二郎与罗睺所展现的“觉悟”究竟是—— 由怪物与少年相遇开启的“忍”之战， 此刻正式拉开帷幕——！！！
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
