在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。 拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。
郝仁原本是个生活在四线小城，靠着出租老宅的微薄租金度日的躺平青年。在一次出门务工时竟然阴差阳错成为一名“宇宙片警”。当他还在为收容上级安排的一众异常生物房客们焦头烂额的时候，他的辖区﹣一梦位面宇宙，已然酝酿出一场宇宙级危机。地球上的异常生物起源之谜，梦位面宇宙中的文明废墟，似乎冥冥中有着什么联系。随着郝仁调查的深入，长子灭世天灾、创世女神陨落，一个接一个尘封万年的惊天大案轰炸着他本就不擅长拐弯的脑回路，郝仁渐渐意识到，自己可能躺不平了．...
方寒与同伴前往归虚历练，一路上战天魔、斩神族，又因挑战仙道魁首太一门的权威被逼入太元仙府，反而因祸得福，修为大涨。逃脱生天之后的方寒恪守本心，护持同门，继续谱写属于自己的热血传说。
天道茜（日高法子 配音）和姐姐天道美（高山南 配音）、天道霞（井上喜久子 配音）以及父亲天道早云（大林隆介 配音）一起经营着属于他们的道场，一天，早乙女乱马（山口胜平 配音）和其父玄马（绪方贤一 配音）的到来打破了道场平静的生活。原来，和父亲在中国修炼的时候，乱马掉入了溺女泉，于是拥有了一碰冷水就会变身成女人的体质。在莫名其妙中，早云居然将小茜许配给了乱马，这让个性要强的小茜不能接受。 乱马就读了当地的风林馆高中，在学校里，他遇见了诸多有趣的朋友和强大的对手，在每日打打闹闹的生活上，小茜和乱马之间的感情也产生了微妙的变化。
