沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
在未来世界，温室效应令全球水位上涨，很多地区被淹没在海洋里。
主人公是居住在某个海洋都市里的15岁少女水树玛依雅是一位十分优秀的海洋厅后备人才，模拟考试笔试第一，正式考试的操作也是第一，面试时也十分自信，可就是这样一位优秀的人才居然落榜了。刚刚失去唯一的亲人、相依为命的爷爷，又没顺利进入海洋厅的玛依雅，可谓是穷困潦倒，由于意外的事件就职在了环绕海洋都市展开工作的小型私人连锁企业All Round Service 也就是“什么都做的公司”的尼丽德支店，然后开始了在尼丽德公司工作、冒险生活。
