一部承上启下的神界故事，作品中部分情节与 《斗罗大陆III龙王传说》中部分情节相呼应，也是《斗罗大陆Ⅳ终极斗罗》的前传。 被封印的神界，只有唐三的神力可以直接与外面联系。 要战败的时候，从遥远的斗罗大陆传来了熟悉的声音。众神之战，谁与争锋？ 当主角光环碰到一起，谁能更胜一筹？这是属于唐门的一场众神之战！
王者峡谷居然出现了这样的事情！月夜下的凶残分尸，树林里的幽暗鬼影，千里追凶，抽丝剥茧，凶手就是他！背后的操控者是谁，波澜诡异的凶杀案所为何事，逗比无敌却又正义爆棚的峡谷重案组，将为你一一揭开谜底。
故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
