故事发生在虫子的世界里，蜘蛛就是警察，一名侦探在最终抓住了他的宿敌后登上了飞往旧金山的水上飞机，但飞机上的一场谋杀将他卷入了一个威胁人类和虫子世界的阴谋中。
讲述了“第二模式”app，是一款能让人拥有超能力的软件。性格懦弱的高中生叶秋的无意之中收到了试玩邀请，获得了听见心声的能力，而他的妹妹叶紫也因为被变态杀人狂袭击而受了重伤。叶秋决定用“第二模式”知道对方心声的能力查出真凶。拥有能力的还有艾思和陈子墨。
在这个维度里，世界被分为“海”和“空”两大空间，在海中居住着被称为“海人”的古老民族，在幽暗宁静的海底，他们过着平静纯洁的生活。和海人相对应的，则是在陆地上居住的“空人”，由于缺乏了解，在海人的心目中，空人一直都是高大可怖的存在。 一日，海人马琳（阿澄佳奈 配音）在海底捡到了一枚戒指，为了将它归还给失主，她和妹妹乌琳（堀江由衣 配音）来到陆地上，开始了一场大冒险。马琳顺利找到了戒指的主人宫守夏音（寿美菜子 配音），可是由于夏音的任性，戒指再度丢失。在寻找戒指的途中，马琳意外的打开了装载着邪恶力量的石棺，世界陷入了危机之中。与此同时，栖息在马琳和夏音体内的巫女力量也开始觉醒，作为“海之巫女”和“空之巫女”，女孩们能够战胜凶恶的幽灵吗？
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
