在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始了变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗救下一名少女，战机却由于速度过快撞进外层舱室。安定后，辉发现救得是林明美。俩人相识后，为使明美高兴，辉偷开教练机带着明美去兜风。敌人趁机出现，好在朋友这时挺身相救，经过一场混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）醒过来，发现在一个荒芜的星球上。他们了解到，五十万年前，一个叫"普罗多"的古代文明发展到顶盛时，已经可以借遗传密码无性繁殖后代，于是国家分裂为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"开始了长达数万年的战争。在战争中文明急剧衰退了，曾经伟大的文化被遗忘殆尽，退化成了只会战斗的种族，为了维护和平，他们将会采取怎样的行动…… 《超時空要塞》是1982至83年间播出的一部电视动画，本片在其基础上精简改编而成。
故事发生于封神大战后。姜子牙率领众神伐纣，赢得封神大战胜利，以为可以唤回世间安宁。然而，一切并未结束。一个偶然，姜子牙发现了原来“封神大战”之下酝酿着更大的阴谋。姜子牙开始踏上探寻真相的旅途......
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
在该剧中，居然还有一个专门负责人力资源的常规角色（Amber Nash配音）。这在同类动画中非常少见。
