星嘉在决斗中战败，在他坠落地球的时候，不但失去了所有的记忆，还变成了一个幼小的孩子。而地球上的人们正在遭遇一场史无前例的能源危机，他们不知道的是，随着星嘉降落到地球上的，还有一块蕴藏有无尽能量的能源石。 十年过去了，在这十年的成长中，星嘉认识了夏吉、小哥、混混、晃晃等伙伴。而这一天，爱迪生忽然出现在地球上，为了要解开星嘉身为超能星人的秘密，他化身成神龙学院的饭糕博士，把星嘉和他的伙伴们引入一场空前的危机，希望借此激发星嘉的超能力，然后夺取超能星人星嘉身上所蕴藏的能量。 最后在和爱迪生的对决中，星嘉被夏吉还有卢娜的友谊打动，放弃了自己外星人的身份，愿意为了守护地球的和平与邪恶作战。而夏吉在最后关头终于领悟了八卦之术的最高境界，两位好兄弟携手并肩，最终挫败了爱迪生的阴谋。
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
「神健」是个在路边修车勉强维生的修理工，然而大部分都被认为是个路边的骗子。有一天，神健遇到了花钱不眨眼的「杰伊克」，为了可以保住这个「贵客」，神健在修车时动了个手脚，只为了让杰伊克的车几天后自己故障，然后再次找自己修车。原以为自己抓到了一只肥羊，然而知道杰伊克与危险的事件有关联后，一心只想摆脱杰伊克的神健却越是挣扎越是无法摆脱⋯
17岁少女神原骏河（泽城美雪 饰）拥有与众不同的人生经历，童年时代她从亡母手中接过能够帮助人实现三个愿望的猿猴之手。据说只要向猿猴之手祈愿，甚至可以改变看似不可逆转的命运，但是许愿的人也将付出巨大的代价。在前辈阿良良木历（神谷浩史 饰）的帮助下，猿猴之手最终依附在骏河的左手上，她不得不每日缠着绷带掩盖不平凡的一切。这个春天，骏河成为三年级的学生了。而就在此时，学校内外关于“恶魔大人”的传言甚嚣尘上。觉察到异样的骏河展开调查，谁知却遭遇了毕生无法忘却的宿敌…… 本片根据日本小说家西尾维新创作的轻小说改编。
With Caine gone and the circus dark, the cast are left with only the mistakes and traumas of their pasts to keep them company. As the prospect of eternity closes in around them, they discover the truth about the Digital Circus and its history. Will they come to terms with what they uncover, or will they make… the other choice?
