在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
天宝十二年，不谙世事的英俊少年孔鸿俊，肩负三项重任离开太行山上的曜金宫，来到歌舞升平、锦绣繁华的长安。孔鸿俊初入大唐驱魔司，顶头上司竟是不久前交过手的龙武军将领李景珑。而他竟然失手将陈氏心灯打碎，心灯进入了李景珑的体内。在那盏灯的光影里，有平康里的灯红酒绿、驱魔司夏日阳光下的梧桐、茫茫塞外的漫天风沙与飞雪、阿泰如清泉般的歌声、莫日根与陆许摘下的清晨树叶、裘永思飞扬的笔锋。
鸣宫凑（上村祐翔 配音）从初中起就是参加了学校的弓道部，并且和队员们为了挑战县大赛而做着反复的练习。然而，一场意外的发生让凑在比赛中失误，与头筹擦肩而过，大受打击的凑从此放弃了弓道，怀揣着内疚和自责的情感升上了风舞高中。 和凑一起进入风舞高中的还有他青梅竹马的好友竹早静弥（市川苍 配音）和山之内辽平（铃木崚汰 配音），两人邀请凑加入学校的弓道部，但凑拒绝了。一天放学后，凑在误打误撞之中闯入了夜多之森弓道馆，并且见到了优秀的射箭运动员泷川雅贵（浅沼晋太郎 配音），直到这时，凑终于无法再逃避心灵对靶所产生的渴望。
这一季最大的特点是像所有恶搞剧一样。。。。增加了一个无能搞怪的市长吧。
过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不仅做为执行者的夜光身亡，还强烈地扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来......
这个世界是存在异人的。刚刚接触异人世界的张楚岚，加入了管理异人的组织“哪都通”。为了解开爷爷和自身的秘密，张楚岚和冯宝宝一起前往龙虎山天师府参加异人界的盛会——罗天大醮，并与众多异人高手对战。
