喜羊羊与灰太狼意外被带到了未来世界，为了回到自己的时空，二人与未来的小羊们收集分散的象星石碎片。但过程中，一神秘反派也派遣厉害的手下来抢夺碎片，于是双方势力开展了精彩纷呈的碎片争夺战。
《地球守护者21》作为前作的续篇，由角川书店、IMAGICA以普通版和限量版OVA的方式发行。全6卷。本作的舞台移到了2001年，是与前作不同的，更写实的故事。世界观也更加黑暗。
半月关之事告一段落，谢怜受神武大帝君吾的传唤回天庭述职，却意外得知有神官在鬼市附近施法求救。而鬼市如今的主人“血雨探花”花城，正是七日前突然辞别的红衣少年三郎。此事疑点重重，谢怜自愿请命，与风师青玄、东方武神郎千秋一同秘访鬼市探查真相……
两位特殊部队的队员坐在运输机内，盯着监控的屏幕。突然一声警报响起，系统检测到有怪兽出现。这时候特殊部队队员比留间弦人下达了新的指令，弦人命令所有人按照预案去指定地点集合。一头来自宇宙的怪兽甲壳怪兽从天而降，巨大的冲击力给城市带来了很大的破坏。地面防卫部队与怪兽展开了激烈交战。怪兽的肆意破坏摧毁了很多大楼，怪兽出现的地方化为了一片火海。弦人为了拯救还没有逃出的群众，独自冲入火海救人。弦人在救人过程中出现意外，关键时刻他体内涌现出一道神秘的光。新的奥特曼就此诞生了，新的奥特曼不光救下了弦人队长，还打败了怪兽。地球防卫队日本支部的参谋长宣布成立全新的小队，全称叫特殊怪兽对应分遣队。招揽优秀的战斗人员组成一支精英小队专门处理怪兽。
